W 1696 podczas oblężenia Azowa dosłużył się stopnia pułkownika. W 1697 powierzono mu najważniejsze zadania związane z budową okrętów w Woroneżu, gdzie nadzorował tworzenie pierwszej floty rosyjskiej. W 1700 został pierwszym rosyjskim komendantem Azowa. Przez następne 6 lat Apraksin budował liczne stanice i twierdze w południowej Rosji, szczególnie Tawrow i Taganrog. W 1700 został także szefem Admiralicji, na którym to stanowisku pozostawał do 1706 oddając flocie rosyjskiej wielkie usługi swoimi wybitnymi zdolnościami technicznymi. Tak więc gdy car Piotr zmagał się już z królem Szwecji Karolem XII, Apraksin rozbudowywał flotę i wznosił nowe fortece i inne fortyfikacje.
Wielka Wojna Północna Po spacyfikowaniu rebelii w Astrachaniu Apraksin wezwany został do Moskwy, gdzie miał zająć się sprawami związanymi z mennicą i uzbrojeniem. W 1707 został przewodniczącym rosyjskiej Admiralicji. W następnym roku otrzymał naczelne dowództwo w Ingrii, a wraz z nim zadanie obrony Petersburga przed Szwedami, których całkowicie rozgromił. W rękach Szwedów pozostał jedynie leżący w Karelii Wyborg. 25 lutego 1710 został trzecim w dziejach Rosjaninem, który otrzymał tytuł hrabiego.