Bardzo często rozstrzygał losy meczu rzutami, lub podaniami otwierającymi drogę do kosza w ostatnich sekundach. Po sezonie regularnym Parker prezentował dobre notowanie w playoffs. W finale zachodu, w którym San Antonio Spurs spotkało się z Dallas Mavericks, Francuz zdobywał średnio 16 punktów i miał 4 asysty. Drużyna Parkera zwyciężyła rywali 4:2 i awansowała do finału, gdzie czekała już ekipa New Jersey Nets z Jasonem Kiddem na czele. Ekipa Spurs znów okazała się zwycięska 4:2 i zdobyła tytuł mistrza NBA.
Drugie mistrzostwo W sezonie 2003/2004, Parker wystąpił w 75 spotkaniach, wszystkie rozpoczynając na parkiecie. Zdobywał średnio 14,7 punktów i miał 5,5 asyst. W fazie playoffs zdobywał najwięcej punktów w swojej karierze. Średnio ponad 18, ale jego ekipa odpadła już w półfinale zachodu, przegrywając z Los Angeles Lakers 2:4. Przy stanie rywalizacji 2:2 San Antonio przegrało spotkanie jednym punktem.