Wg diariusza Maszkiewicza po czterech dniach obrony, obsadzony przez dragonów zamek w Niemirowie został zdobyty przez pijanych chłopów, a dragoni zostali wymordowani (mimo że służyli wśród nich „wybrańcy” z Ukrainy). Od tego czasu miasto przechodziło z rąk do rąk.
W 1670 r. Niemirów został zajęty przez Petra Doroszenkę. W 1671 r. miasto nabył hetman wielki koronny Jan Sobieski.
W latach 1672–1699 Niemirów znajdował się pod okupacją Turcji jako stolica nowej jednostki administracyjnej. Miasto było gęsto zaludnione przez Żydów, którzy cieszyli się ochroną władz tureckich, co stało się szczególnie konieczne od czasu, gdy sułtan Mehmed IV mianował Jurija Chmielnickiego hetmanem prawobrzeżnej Ukrainy z siedzibą w Niemirowie (w latach 1677–1679) i który stosował politykę ostrych represji wobec ludności żydowskiej.
Na początku XVIII wieku miejscowość przeszła na własność Potockich, którzy odrestaurowali pałac (w miejscu dawnego zamku). W pałacu w 1737 roku Józef Potocki przyjął dyplomatów Rosji, Austrii i Turcji, którzy bezskutecznie próbowali osiągnąć kompromis i zakończyć wojnę rosyjsko-turecką.