Po śmierci Stanisława Lubomirskiego w 1649 roku miejscowość weszła w skład dóbr rodu Lubomirskich z Rzeszowa, jednego z najpotężniejszych rodów magnackich Rzeczypospolitej.
W połowie XVII wieku wieś została zniszczona w wyniku walk między Stanisławem Stadnickim a Łukaszem Opalińskim. Skala zniszczeń była tak duża, że około 1650 roku dokonano ponownej lokacji osady. W tym czasie sprowadzono nowych osadników, m.in. z pobliskich Bratkowic oraz północnego Mazowsza.
W XVII wieku Medynia Głogowska była niewielką osadą zamieszkaną głównie przez zagrodników zajmujących się gospodarką leśną. Brak dokładnych danych demograficznych z tego okresu wynika z ograniczonych informacji zawartych w rejestrach poborowych.
W XVIII wieku miejscowość nadal pozostawała w rękach Lubomirskich, którzy w 1725 roku uposażyli miejscową parafię i wznieśli pierwszy kościół drewniany. Pod koniec tego stulecia dobra medyńskie przeszły w ręce rodzin Grocholskich i Zbyszewskich, a następnie kolejnych właścicieli prywatnych. W XIX wieku Medynia Głogowska zmieniała właścicieli kilkukrotnie. Ostatecznie w 1897 roku majątek przejęły rodziny Żardeckich i Cetnarskich z Łańcuta, które były jego ostatnimi właścicielami przed parcelacją przeprowadzoną w 1904 roku.