W grudniu 1959 roku powrócił do Rzymu pracować w sekretariacie stanu. Jego znajomość hiszpańskiego i włoskiego spowodowała, że sporadycznie uczestniczył w rozmowach jako tłumacz papieża Jana XXIII. Wraz z wyniesieniem kardynała Giovanniego Battisty Montiniego do godności papieża Pawła VI, Marcinkus został z czasem najważniejszym tłumaczem języka angielskiego i pomagał prowadzić spotkania podczas podróży.
W 1963 roku, podczas jednej ze swych podróży do Rzymu, kardynał Spellman z Nowego Jorku zwrócił uwagę nowego papieża Pawła VI na to, że Marcinkus jest bardzo obiecującym człowiekiem. Kiedy w 1964 roku podczas wizyty w centrum Rzymu papież utknął wśród zgromadzonych wiernych i groziło mu niebezpieczeństwo, że zostanie stratowany przez rozentuzjazmowanych ludzi, Marcinkus utorował papieżowi drogę w tłumie. Innym znanym przypadkiem interwencji Marcinkusa jest zdarzenie z 1970 roku, gdy zasłonił Pawła VI własnym ciałem przed szaleńcem, który chciał zasztyletować papieża tuż po przylocie do Manili na Filipinach. 12 lat później Marcinkus – wedle relacji prasowych, których sam nie potwierdzał – uchronił też przed podobnym szaleńcem nożownikiem Jana Pawła II podczas jego pielgrzymki do Fátimy w 1982 roku.