W marcu 1968 roku aresztowany przez SB pod fałszywym zarzutem organizowania wiecu studentów UW 8 marca. Faktycznym motywem była chęć powiązania uczestników protestów studenckich z rozgrywkami frakcyjnymi we władzach PZPR (poprzez powiązanie uczestników protestów – dzieci prominentnych działaczy PZPR dawnej frakcji puławian). W lutym 1969 roku skazany na dwa lata więzienia z art. 28 i 29 mkk. Uzasadnieniem wyroku było szkalowanie państwa polskiego (PRL) przez określenie polityki PZPR wobec Kościoła katolickiego jako Kulturkampf i zarzut szkalowania narodu polskiego poprzez przypisanie Zambrowskiemu autorstwa słów Nową przypowieść Polak sobie kupi, że i przed szkodą i po szkodzie głupi – w istocie puenty Pieśni o spustoszeniu Podola Jana Kochanowskiego.
Lata siedemdziesiąte i osiemdziesiąte Po zwolnieniu z więzienia pracował w Centralnym Laboratorium Optyki. Od roku 1976 współpracownik Komitetu Obrony Robotników i Towarzystwa Kursów Naukowych. Był współpracownikiem Komitetu Samoobrony Społecznej „KOR”Kryptonim „Gracze”. Służba Bezpieczeństwa wobec Komitetu Obrony robotników i Komitetu Samoobrony społecznej „Kor” 1976–1981, wybór, wstęp i opracowanie Łukasz Kamiński i Grzegorz Waligóra, Warszawa 2010, s. 110..