W październiku 1996 Pakistan umożliwił założenie tymczasowej bazy dla samolotów Ariana Afghan Airlines w Karaczi, do 1999 roku linie Ariana wykonywały tylko dwa międzynarodowe połączenia do Dubaju i Rijad w Arabii Saudyjskiej. Ograniczone zostały również połączenia cargo. Jednak sankcje nałożone przez radę bezpieczeństwa ONZ zmusiły linie do zawieszenia także tych połączeń międzynarodowych.
W listopadzie 2001 linie zostały uziemione w całości. Po obaleniu rządów talibów w grudniu, linie przystąpiły do odbudowy swojej działalności. Miesiąc później sankcje ONZ zostały zniesione, co umożliwiło szybszy rozwój. W 2002 roku rząd Indii podarował trzy Airbusy A300s odkupione od Air India. W styczniu zainaugurowano pierwszy od 1999 roku lot międzynarodowy, samolot wystartował z Kabulu i wylądował na lotnisku Indiry Gandhi w Delhi, na swoim pokładzie miał 20 pasażerów w tym ministra turystyki oraz dyrektora Ariany. W czerwcu uruchomiono loty do Islamabadu, zaś w październiku loty Kabul - Frankfurt nad Menem. W 2005 roku między Indiami a Afganistanem podjęto porozumienie dotyczące wzmocnienia współpracy w lotnictwie cywilnym które obejmowało m.in.