wojny sowiecko-fińskiej, zgłosił się jako ochotnik do walki po stronie Finów. Zdążył jedynie wziąć udział w jednej akcji bojowej przed ogłoszeniem rozejmu 13 marca 1940 r.
W służbie niemieckiej Christian F. von Schalburg przebywał jeszcze w Finlandii, kiedy Niemcy napadły i zajęły Danię 9 kwietnia. Szybko powrócił do kraju, bardzo rozczarowany, że Duńczycy nie stawili praktycznie żadnego oporu. Jako gorący antykomunista i nazista postanowił podjąć służbę wojskową u Niemców. Wkrótce wstąpił do Waffen-SS, licząc na szybkie zaatakowanie ZSRR przez III Rzeszę. Został skierowany do 5 Dywizji Pancernej SS „Wiking” jako oficer sztabowy w stopniu SS-Hauptsturmführera. Został odznaczony Krzyżem Żelaznym 1 i 2 klasy. W tym czasie spotkał się z Reichsführerem SS Heinrichem Himmlerem, z którym omawiał pozycję Danii w przyszłym nowym układzie europejskim. 22 lutego 1941 r. został przedstawiony Adolfowi Hitlerowi. Dygnitarze hitlerowscy dostrzegli jego charyzmatyczny charakter i oddanie nazistowskim ideałom, widząc w nim przyszłego przywódcę duńskich faszystów. 1 marca 1942 r. w stopniu SS-Obersturmbannführera został dowódcą walczącego na froncie wschodnim Frikorps Danmark, zastępując na tej funkcji Christiana Pedera Kryssinga. Podjął kroki w celu większego „znazyfikowania” formacji oraz zintensyfikował szkolenie. 26 kwietnia 1942 r.