Do najwartościowszych populacji roślin i grzybów występujących na „Helskich Wydmach” należą:
5 gatunków roślin naczyniowych, podlegających ścisłej ochronie prawnej, i 3 gatunki podlegające ochronie częściowej, wśród nich kruszczyk rdzawoczerwony, mikołajek nadmorski i tajęża jednostronna; 9 gatunków roślin naczyniowych zagrożonych w regionie, m.in. kostrzewa poleska, groszek nadmorski i rukwiel nadmorska; 4 gatunki roślin naczyniowych zamieszczonych w „Polskiej Czerwonej Księdze Roślin”, m.in. lnica wonna i solanka kolczysta; ta pierwsza jest umieszczona także na liście Dyrektywy Rady EWG gatunków szczególnie cennych przyrodniczo; 12 gatunków porostów objętych ochroną ścisłą i 9 taksonów objętych ochroną częściową (10 z nich jest zagrożonych w skali Polski); 3 bardzo rzadkie w skali świata gatunki grzybów naporostowych: Clypeococcum cetrariae, Lichenoconium lichenicola i mający tu jedno z trzech znanych na świecie stanowisk Taeniolella trapeliopseos.