Kierowane przez Sarkisjana siły zbrojne odniosły wówczas szereg sukcesów militarnych w zmaganiach z wojskiem AzerbejdżanuRafał Czachor, Abchazja, Osetia Południowa, Górski Karabach: geneza i funkcjonowanie systemów politycznych, Wrocław 2014, s. 357..
W uznaniu zasług odniesionych w trakcie wojny w Karabachu, w 1993 prezydent Armenii Lewon Ter-Petrosjan mianował Sarkijana ministrem obrony w rządzie Republiki Armenii. Dwa lata później Sarkisjan stanął na czele Zarządu ds. Bezpieczeństwa Narodowego. W 1996 został szefem nowo utworzonego resortu spraw wewnętrznych i bezpieczeństwa narodowego (MSWiBN). Zachował stanowisko w rządzie pod kierownictwem Koczariana, powołanego na premiera w marcu 1997. Po rezygnacji Ter-Petrosjana z funkcji prezydenta w 1998 Sarkisjan poparł kandydaturę Koczariana w wyborach prezydenckichRafał Czachor, Abchazja, Osetia Południowa, Górski Karabach: geneza i funkcjonowanie systemów politycznych, Wrocław 2014, s. 365.. Latem 1999 po rozdzieleniu MSWiBN Sarkisjan został ministrem bezpieczeństwa narodowego. Podał się do dymisji po ataku terrorystów w budynku parlamentu ormiańskiego, do którego doszło 27 października 1999. W jego wyniku zginęli m.in.