17 lutego 1943 ppłk van Vliet dostał się do niewoli niemieckiej w Tunezji w trakcie walk z niemieckim Afrika Korps jako dowódca III Batalionu 168 Pułku PiechotyB. Driscoll, How We Got There and What We Did richlandcollege.edu [dostęp 2011-08-11]. Został przetransportowany przez Niemców samolotem do Włoch, a po dwóch tygodniach kwarantanny przewieziony wraz z innymi jeńcami do Oflagu IX A/Z w Rotenburg an der Fulda (przeznaczonego dla jeńców brytyjskich).
Po tym, jak Niemcy odkryli w Katyniu groby pomordowanych polskich oficerów z 1940, władze oflagu wskazały dwóch najstarszych rangą oficerów, amerykańskiego i brytyjskiego, do przeprowadzenia wizji lokalnej. Przedstawicielem Amerykanów został ppłk Van VlietWładimir Abarinow, Oprawcy z Katynia, Kraków 2007, s. 223–224, (). Po powrocie z Katynia był przetrzymywany przejściowo w więzieniu w Berlinie, następnie od czerwca 1943 w Oflagu 64 (Altburgund) w Szubinie koło Bydgoszczy na terenach polskich (stamtąd próbował kilkakrotnie ucieczek), a na przełomie 1944/1945 po ewakuacji obozu znalazł się w Oflagu III A Luckenwalde pod Berlinem.