Trzon kadry profesorskiej seminarium stanowili wykładowcy Wydziału Teologicznego UAM w Poznaniu, księża diecezji bydgoskiej oraz z seminariów w Poznaniu, Gnieźnie, Kaliszu, Włocławku, Toruniu, Szczecinie, księża zakonni oraz nauczyciele świeccy. Pierwszy rok formacyjny 2004/2005 rozpoczynało 62 alumnów, później nastąpił nieznaczny wzrost, a w roku 2013/1014 studiowało 32 osób.
Cykl formacji kleryków obejmuje okres propedeutyczny, studia filozoficzne, a później teologiczne. Formacja jest podzielona na etapy, rozróżnione momentem przyjęcia stroju duchownego. Wyznaczone są one posługami lektoratu i akolitatu, a później święceń: diakonatu i prezbiteratu. Święcenia kapłańskie odbywają się w katedrze bydgoskiej w ostatnią sobotę maja, a diakonatu dwa tygodnie wcześniej. W latach 2004–2014 odbyło się 15 święceń diakonatu, a 42 alumnów zostało wyświęconych na kapłanów. W 2014 roku nowym rektorem seminarium został dotychczasowy ojciec duchowny ks. Marcin Puziak. W 2022 roku biskup bydgoski Krzysztof Włodarczyk podjął decyzję o reorganizacji seminarium i przeniesieniu kleryków do seminarium w Poznaniu.