Latem 1993 Mulder przeniósł się do niemieckiego FC Schalke 04. W Bundeslidze zadebiutował 7 sierpnia w przegranym 0:3 wyjazdowym meczu z SG Wattenscheid 09. Natomiast już w drugim meczu, derbach Zagłębia Ruhry z Borussią Dortmund zdobył jedynego gola w tym spotkaniu. W całym sezonie spisał się udanie i zdobył 6 bramek. Przez kolejne 2 sezony nadal był podstawowym zawodnikiem Schalke, a w sezonie 1995/1996 zdobył 10 bramek, co było jego najlepszym wynikiem w karierze na niemieckich boiskach. Wtedy też zajął z Schalke 3. miejsce w lidze, premiowane awansem do Pucharu UEFA. W 1997 roku Schalke słabo spisało się w lidze zajmując dopiero 12. miejsce, ale osiągnęło największy sukces w historii klubu, jakim było zdobycie Pucharu UEFA. Mulder nie wystąpił jednak w obu finałowych meczach z Interem Mediolan z powodu kontuzji. W lidze zdobył 3 bramki, a kolejne 3 dołożył w meczach Pucharu UEFA. Kontuzja okazała się jednak dość poważna i przez nią w sezonie 1997/1998 Mulder wystąpił ledwie w 4 ligowych meczach. Do składu wrócił w kolejnym sezonie – 1998/1999, ale potem uraz odnowił się i znów niemal przez rok Youri nie grał w piłkę. W 2001 roku Mulder wywalczył z Schalke Puchar Niemiec oraz został wicemistrzem Bundesligi.