W latach 60. i 70. kolej zachodnioniemiecka znalazła się pod presją masowej motoryzacji i dokonała masowych likwidacji linii lokalnych. Innym ważnym kierunkiem rozwoju była budowa sieci kolei aglomeracyjnych (S-Bahn) wyposażanych w podziemne linie średnicowe wchodzące do centrów największych miast. W latach 70. zaczęto też realizować ideę pełnej integracji transportu publicznego w aglomeracjach, obejmującej transport uliczny, metro i kolej państwową, realizowaną w zakresie planowania, eksploatacji i systemów taryfowych.
W 1971 r. utworzono sieć szybkich połączeń międzymiastowych InterCity, funkcjonujących w rozkładzie równoodstępowym, najpierw dwugodzinnym, a od 1979 w godzinnym i również z wagonami 2 klasy.
Od 1990 r. rozpoczęto odbudowę i modernizację połączeń między obiema częściami kraju w ramach programu Verkehrsprojekte Deutsche Einheit (VDE). Rozpoczęto renowację i elektryfikację węzła berlińskiego, jak również jego przebudowę zakładającą powstanie dworca głównego i nowej linii średnicowej o kierunku północ-południe.
W 1991 r. dokonano otwarcia pierwszych linii dużych prędkości na odcinkach Hanower – Würzburg (z nową stacją Kassel-Wilhelmshöhe) i Mannheim – Stuttgart.