Gra w NBA Dobre występy w Europie zaowocowały wyborem w drafcie. Nesterović został wybrany w pierwszej rundzie, z numerem 17 przez Minnesotę Timberwolves. W swoim pierwszym sezonie grał bardzo mało, wystąpił w ledwie dwóch meczach. Następny sezon był już zupełnie inny. Słoweniec zadomowił się w wyjściowej piątce wilków. Zagrał od pierwszej minuty aż 55 razy. Jego statystyki nie powalały na kolana, ale świetnie wywiązywał się z roli zadaniowca. Zdobywał ponad 5 punktów w każdym meczu i 4,6 zbiórek. W kolejnym sezonie Nesterović grał mniej, jego zdobycze były mniejsze. Sezony 01-02 i 02-03 to najlepsze sezony Rasho w karierze. W przeciągu tych dwóch lat, wszystkie spotkania, które rozegrał rozpoczynał w wyjściowej piątce. W obu tych latach notował po 6,5 zbiórki oraz 8,4 i 11,2 punktów na mecz. Przyszedł czas na przenosiny. Na sezon 2003-2004 przeszedł do drużyny ówczesnych mistrzów – San Antonio Spurs. W swoim pierwszym sezonie występów w drużynie Spurs, Nesterović rozegrał wszystkie mecze sezonu regularnego w pierwszej piątce. Rzucał 8,7 pkt i zbierał 7,7 piłek. Tytułu mistrzowskiego obronić się nie udało, ale ekipa z Teksasu odzyskała mistrzostwo w sezonie 2004-2005. Nesterović rozegrał wszystkie mecze w wyjściowym składzie zdobywając średnio 5,9 punktów, miał też 6.6 zbiórek.