Między rokiem 1850 a 1875 zaprojektował kilka jednostek podwodnych, których projekty usiłował sprzedać rządom Niemiec, Francji, Wielkiej Brytanii, Rosji, Austrii oraz Stanów Zjednoczonych. Prototyp okrętu „Brandtaucher” Bauer zbudował w 1850 roku w należącej do Augusta Howaldta stoczni w Kilonii. Okręt wziął udział w I wojnie o Szlezwik, gdzie w znacznym stopniu przyczynił się do odsunięcia od brzegu duńskiej floty blokującej Kilonię.

thumb|Łódź podwodna Stefana Drzewieckiego Pierwszym na świecie okrętem podwodnym, który przeprowadził skuteczną akcję bojową, był konfederacki okręt „Hunley”, o napędzie mięśniowym. 17 lutego 1864 roku, w trakcie amerykańskiej wojny secesyjnej, zatopił on należący do Unii USS „Housatonic”. Jednostka Konfederacji zdetonowała przy kadłubie „Housatonica” podczepioną na wytyku „torpedę” (jak wówczas nazywano miny), która spowodowała eksplozję magazynu amunicji okrętu Unii, lecz „Hunley” zatonął po akcji. Śmierć poniosło 5 członków załogi „Housatonica”. Jakkolwiek „Hunley” zatopił nieprzyjacielski okręt, więcej marynarzy – 21, zginęło na nim podczas wypadków i akcji bojowej, niż na pokładzie zatopionego okrętuAngus Konstam: Confederate submarines and torpedo vessels 1861-65, New Vanguard nr 103. Oxford: Osprey, 2004. , s. 17–18, 46..