W 1530 roku brał udział w Sejmie w Augsburgu, gdzie był najważniejszym teologiem katolickim. Zasiadał w komisji, której powierzono przygotowanie odpowiedzi na Konfesję Augsburską luteran. Odpowiedź ta znana jako Konfutacja Konfesji Augsburskiej, została przygotowana 13 lipca 1530, jednak cesarz Karol V nie przyjął jej ze względu na jej zbyt dużą objętość oraz zjadliwy język i zalecił rewizję refutacji. Po pięciu poprawkach 13 sierpnia Refutacja została ostatecznie odczytana przed Sejmem w tej samej kaplicy, w której odczytano Konfesję Augsburską.
W tym samym miesiącu Eck brał udział w obradach komisji teologicznej, wyznaczonej przez cesarza do omówienia i pogodzenia różnic pomiędzy luteranami a katolikami. Działania te okazały się jednak bezowocne.
W 1540 roku brał udział w kolokwium w Wormacji, gdzie zaczął okazywać pewne oznaki skłonności do kompromisu w kwestii nauki o usprawiedliwieniu. W styczniu 1541 roku udało mu się wywrzeć pozytywne wrażenie na Melanchtonie swoim podejściem do doktryny o usprawiedliwieniu przez wiarę;