Odcisnęło się to piętnem na całym życiu Franciszka, który w przyszłości uzależniał swoje decyzje od zdania Wiednia.
Ze względów politycznych zalecono Franciszkowi Ferdynandowi, aby ten ożenił się z Niemką, ewentualnie Włoszką. Jednak w tym wypadku wybór następcy tronu był ograniczony. Członek rodu Habsburgów, aby małżeństwo uznano za prawowite, musiał ożenić się z kobietą równego stanu, tj. wywodzącą się albo z rodziny co najmniej książęcej, albo odznaczającej się odpowiednio długim rodowodem (co najmniej 10 pokoleń osób stanu szlacheckiego zarówno po mieczu, jak i po kądzieli).
Ponadto Franciszek musiał mieć wzgląd na dobro polityki dynastycznej Wiednia, każda propozycja ożenku musiała być przedstawiona cesarzowi. Tym razem dwór w Schönbrunnie był bardzo aktywny. Spośród możliwych do zaakceptowania kandydatek Franciszek Ferdynand wybrał Adelgundę, księżniczkę bawarską (córkę Ludwika I, od dawna zdeklarowanego sojusznika Austrii). Ślub odbył się 30 marca 1842 w Modenie. Pomimo długiego stażu małżeńskiego para doczekała się tylko jednego dziecka – była to Anna Beatrycze, która nie dożyła nawet roku.