Premier Atambajew nie pozostał długo na stanowisku. 24 października 2007, po rozwiązaniu parlamentu przez prezydenta Bakijewa, podał się do dymisji. Bakijew rozwiązał parlament z powodu przyjęcia nowej konstytucji i nowej proporcjonalnej ordynacji wyborczej w referendum 21 października 2007. Rozpisał także wybory parlamentarne na 16 grudnia 2007. Atambajew pozostał pełniącym obowiązki premiera, którą to funkcję miał pełnić do czasu wyłonienia nowego gabinetu w wyniku wyborów, Associated Press (International Herald Tribune), 24 października 2007.. Ostatecznie zrezygnował z urzędu 28 listopada 2007, pół miesiąca przed wyborami. Na stanowisku szefa rządu zastąpił go wicepremier Iskenderbek Aidaralijew.
Wybory prezydenckie (2009) 20 kwietnia 2009 Ałmazbek Atambajew został wybrany wspólnym kandydatem opozycji, skupionej w koalicji wyborczej Zjednoczona Opozycja, w wyborach prezydenckich 23 lipca 2009„Kyrgyz Opposition Unveils Presidential Hopeful”, Radio Free Europe/Radio Libert, 20 kwietnia 2009.. Jego głównym rywalem był urzędujący prezydent Kurmanbek Bakijew„Kyrgyzstan Nominates President For Reelection”, Radio Free Europe/Radio Liberty, 1 maja 2009.. W dniu wyborów Atambajew wycofał się z wyścigu prezydenckiego. Wybory określił mianem „niezgodnych z prawem” i zażądał ich powtórzenia „z powodu masowych fałszerstw wyborczych”.