W roku 1806 wyłącznym właścicielem został Andrzej Wielopolski, spłacając pozostałe rodzeństwo, i był nim aż do śmierci w roku 1835. Już wtedy część sal została udostępniona przez właścicieli na różne cele. Tutaj odbywały się przedstawienia teatralne (w 1831 r.) oraz mieściła się pracownia malarska Piotra Michałowskiego. Następnie pałac znalazł się w rękach Aleksandra Wielopolskiego, margrabiego Myszkowskiego, który po perturbacjach własnościowych i procesie z teatrem, rozpoczął przygotowania do remontu, do którego nie doszło wskutek krakowskiej rewolucji w 1846, w czasie której pałac zajęły stacjonujące w Krakowie wojska austriackie, a następnie pruskie. Po tym, gdy w czasie wielkiego pożaru miasta Krakowa w lipcu 1850 pałac spłonął, Wielopolscy postanowili sprzedać spaloną siedzibę.
W 1854 roku pałac na licytacji kupił chirurg Wojciech Kowalski, który w 1856 przystąpił do jego odnowienia i przebudowy. Zmieniono elewację wschodnią, na każdym piętrze znajdowało się odtąd po siedem okien, na parterze tej elewacji wybito okna i wejście, a w roku 1858 dobudowano oszkloną werandę na pomieszczenie traktierni. Na krótszym skrzydle północnym dodano, na zwieńczeniu murów, attykę. Nowe główne wejście od strony wschodniej ozdobiono neorenesansowym portalem.