W całej historii jego startów w Pucharze Świata to właśnie w tym sezonie odnosił najlepsze wyniki i w efekcie zajął szóste miejsce w klasyfikacji generalnej.
Sezon 1993/1994 przyniósł mu pierwszy medal w karierze. Wywalczył go podczas igrzysk olimpijskich w Lillehammer w lutym 1994. Wraz z Hansjörgiem Jäkle, Dieterem Thomą i Jensem Weißflogiem zdobył złoty medal w konkursie drużynowym. W konkursach indywidualnych był jedenasty na dużym obiekcie i osiemnasty na normalnym. Zaledwie miesiąc później odbywały się mistrzostwa świata w lotach w Planicy, podczas których Duffner zajął czwarte miejsce, przegrywając walkę o brązowy medal z Roberto Ceconem. Został tam jednym z pierwszych zawodników, którzy pokonali granicę 200 m. Nieustany skok na odległość 207 m stanowiłby rekord świata w długości skoku narciarskiego, jednak w tym samym konkursie wynik ten poprawił Bredesen skacząc 209 m. Duffner czwarty był także w klasyfikacji generalnej sezonu 1993/1994 Pucharu Świata w lotach, także w tym przypadku bezpośrednio przed nim znalazł się Cecon. W Pucharze Świata w skokach niemiecki skoczek zajął 25. miejsce.