Jedynie w niektórych miejscach powstały budowle zmieniające krajobraz i znaczenie rzeki.
Rezerwat „Świder” chroni 41 kilometrów rzeki, czyli blisko połowę jej biegu. Łącznie zajmuje powierzchnię 238 ha i jest jednym z większych rezerwatów w województwie mazowieckim.
Rezerwat Wyspy Zawadowskie
Rezerwat przyrody pod nazwą „Wyspy Zawadowskie” obejmuje wyspy, piaszczyste łachy oraz wody płynące rzeki Wisły – o łącznej powierzchni 530,28 ha. Ten faunistyczny rezerwat został utworzony w 1999 roku.
Celem ochrony są miejsca gniazdowania ptactwa.
Rezerwat Wyspy Świderskie
Rezerwat faunistyczny Wyspy Świderskie, utworzony w 1998 r., obejmuje liczne wyspy, mielizny i piaszczyste łachy przy ujściu rzeki Świder oraz wody płynące Wisły. Chroniony obszar zajmuje 572,28 ha i jest położony w gminie Konstancin-Jeziorna oraz na terenach miast Karczew, Otwock i Józefów. W granicach administracyjnych miasta Józefów leży obszar o powierzchni 180,23 ha.
Pomniki przyrody Na terenie Józefowa znajduje się 12 drzew będących pomnikami przyrody: pięć dębów szypułkowych: ul. Wspólna 21, Nadwiślańska 226 i 252, skrzyżowanie Al. Nadwiślańskiej z ul. Drogowców i w Nowej Wsi; sześć dębów przy ul. Nadwiślańskiej 254 i 256 (os. Dębinka); sosna zwyczajna przy ul.