Na wzór instytucji kościelnych w Europie rozwinęło się sądownictwo świeckie podlegające władzy państwowej. W efekcie jurysdykcja sądów kościelnych została znacznie ograniczona. Wprowadzenie zasady rozdziału kościoła od państwa zawęziło zakres prawa kościelnego do wewnętrznych sporów w instytucji religijnej (causae spirituales). Egzekucja wyroków sądów kościelnych została znacznie ograniczona wyłącznie do sankcji, które mógł zastosować kościół (ekskomunika, pozbawienie urzędów i tytułów kościelnych itp.). W wieku XX przeprowadzono reformę prawa kanonicznego, która ukształtowała współczesne zasady funkcjonowania sądów kościelnych.
Współczesne kodyfikacje Sądy kościelne w Kościele rzymskokatolickim opierają swoje wyroki na prawie kanonicznym wywodzącym się z tradycji tej instytucji. W 1983 roku papież zatwierdził nowy kodeks składający w jedną całość zmiany prawa kanonicznego dokonane w wieku XX. Katolickie Kościoły wschodnie posługują się swoim kodeksem prawa kanonicznego, które zostało ujednolicone w 1991 roku.