Po roku gry w podbrukselskim klubie John wrócił do Holandii. Trafił do Ajaksu Amsterdam, w którym stworzył bramkostrzelny atak z Dennisem Bergkampem i Szwedem Stefanem Petterssonem. Zdobył 10 goli, jednak pomimo dobrej formy tych 3 zawodników Ajax nie został mistrzem kraju. Latem 1992 do Ajaksu przyszedł Marc Overmars i van Loen stracił miejsce w składzie. Zimą odszedł do rywala amsterdamskiej drużyny, Feyenoordu. W Feyenoordzie spędził 2,5 sezonu i częściowo odzyskał formę sprzed lat. Jeszcze w 1993 roku świętował z nim swój pierwszy tytuł mistrza Holandii, a w 1994 i 1995 zdobycie krajowego pucharu. W 1995 roku wyjechał też na wypożyczenie do japońskiego Sanfrecce Hiroszima, jednak nie osiągnął z tym klubem żadnych sukcesów. W 1996 roku van Loen wrócił do Utrechtu, gdzie grał przez 3 sezony, ale głównie był tylko uzupełnieniem składu. W sezonie 1998/1999 grał w cypryjskim APOEL-u Nikozja i zdobył z nim Puchar Cypru, a po sezonie zakończył piłkarską karierę w wieku 34 lat.