W XVIII wieku w kościele odbywały się wojewódzkie i ziemskie sejmiki szlachty podlaskiej. Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 roku parafię przekazano w 1781 r. zakonowi pijarów.
Kościół został zniszczony podczas I wojny światowej w latach 1914–1918 i odbudowany w 1919. Ponownie kościół został poważnie zdewastowany wiosną 1940 roku przez wojska radzieckie. Zniszczono wtedy 14 ołtarzy, dębowe konfesjonały i ławki, barokową ambonę, epitafia miejscowej szlachty i liczne obrazy. Szczególną stratą było zniszczenie ołtarza głównego, którego nie odtworzono do dzisiaj (w jego miejscu ustawiono ołtarz stylizowany). Kolejny szkód dokonali Niemcy w latach 1941–1944. Odrestaurowany częściowo w latach 1945-1957.
W 1991 roku kościół stał się katedrą diecezji drohiczyńskiej.
Architektura Kościół jest trójnawową bazyliką zbudowaną w stylu barokowym z cegły, na rzucie prostokąta. Korpus ma cztery przęsła i jednoprzęsłowe półkoliście zamknięte prezbiterium, które ma wysokość i szerokość równe nawie głównej. Do prezbiterium po bokach przylegają zakrystia i skarbczyk. Nawa środkowa otwarta jest do bocznych półkolistymi arkadami na czworobocznych filarach. Nawę środkową przykrywa sklepienie kolebkowe z lunetami, boczne nawy przykrywa sklepienie krzyżowe.