Studenci uznali to za żart, że kobieta ma zostać studentką i przekornie głosowali za jej kandydaturą.
W czasie studiów Elizabeth musiała zmagać się z nietolerancją i dyskryminacją ze strony studentów i wykładowców, np. musiała przeforsować swoją obecność w czasie sekcji męskich genitaliów. 11 stycznia 1849 przyznano jej jako pierwszej kobiecie w USA tytuł doktora medycyny (w dodatku z pierwszą lokatą).
Jednak jako kobieta nie mogła znaleźć nigdzie zatrudnienia i założyła w Nowym Jorku własny szpitalik dla ubogich kobiet i dzieci. Podczas wojny secesyjnej zaczęła szkolić pielęgniarki, felczerów i lekarzy. Gdy amerykańskie szpitale w dalszym ciągu odmawiały współpracy z nią, założyła w Nowym Jorku własny szpital kliniczny, gdzie zatrudniła lekarki: swoją siostrę Emily Blackwell i Marię E. Zakrzewską. Napisała poradnik dla studentek medycyny The Moral Education of the Young oraz autobiografię Pioneer Work in Opening the Medical Profession to Women (1895).