W 1908 roku otrzymała stanowisko dyrektorki Biura Higieny Dziecka (Bureau of Child Hygiene), pierwszego tego rodzaju w Stanach Zjednoczonych. Rozwinęła programy edukacyjne, służące zapobieganiu chorobom i propagujące zasady podstawowej higieny dla imigrantów. W 1910 roku założyła Ligę Małych Matek, która szkoliła dziewczynki do opieki nad młodszym rodzeństwem (żeby pomóc pracującym matkom). Zastosowała na masową skalę preparat chroniący niemowlęta przed ślepotą, spowodowaną rzeżączką (zachorowalność zmalała 100-krotnie w ciągu 2 lat). Przekonała władze stanu Nowy Jork do wprowadzenia obowiązkowych szkoleń i egzaminów dla położnych. Wprowadziła do każdej szkoły lekarza i pielęgniarkę, troszczących się o zdrowie uczniów.
Jo Baker została znaną i szanowaną specjalistką ds. higieny. Pomagała w odnalezieniu tzw. „Tyfusowej Mary” – kucharki, pierwszej znanej nosicielki tyfusu, która zaraziła przynajmniej 47 ludzi, choć przypisywano jej rozniesienie choroby na setki osóbW. Andryszek, Nieświadoma morderczyni.