Jest to równina Duars (Dwar) leżąca w znacznej większości na terenie Indii. Tu zajmuje pas przygraniczny z Indiami o szerokości 8–13 km.
Ponad połowa terytorium kraju leży powyżej 3000 m n.p.m. Sieć rzeczna jest gęsta, wszystkie są dopływami Brahmaputry, do której wpadają już na terenie Indii.
Klimat zwrotnikowy wilgotny, monsunowy; tropikalny na południu, chłodne zimy i gorące lata w dolinach, ostre zimy i chłodne lata w Himalajach. Granica wiecznych śniegów wskutek znacznych opadów przebiega stosunkowo nisko, bo już na wysokości ok. 4500–4880 m n.p.m.
Góry do 3500 m są pokryte lasami zajmującymi 67% powierzchni kraju. Na południu to lasy monsunowe z drzewem tekowym, wyżej lasy mieszane z dębem, sosną i jodłą. Powyżej 3500 m występują łąki alpejskie, a powyżej 4500 m wieczne śniegi i lodowce.
Użytki zielone (łąki i pastwiska) stanowią 6%, a grunty orne 2% powierzchni kraju.
Ochrona przyrody Ochroną przyrody objęto 10 230 km². Utworzono 9 obszarów chronionych. Dwa parki narodowe: przy granicy z Indiami transgraniczny Manas (lasy tropikalne o powierzchni 41 934 ha) oraz Doga (2 027 ha).
Na północy Bhutanu utworzono 3 wysokogórskie obszary chronionego krajobrazu: Gasa (271 690 ha), Jigme Dorjee (370 880 ha), Laya (147 300 ha).