To i następne dziesięciolecie przyniosło rozwój produkcji wojskowej koncernu, opracowywano (również w kooperacji) m.in.: V-22 Osprey, będącego krzyżówką samolotu i śmigłowca, bombowiec typu „stealth” B-2, myśliwiec F/A-22 Raptor, śmigłowiec RAH-66 Comanche, system obrony przeciwlotniczej bliskiego zasięgu Avenger, system antyrakietowy Roland i inne. Pojawiły się również zamówienia na remonty i modernizację dotychczas używanego wyposażenia wojskowego, m.in. B-52 i KC-135.
W 1994 firma wprowadziła na rynek dwusilnikowy B777. Ten bardzo nowoczesny, zaprojektowany przy użyciu wyłącznie komputerów samolot pasażerski uzupełnił lukę między modelami B767 i B747. Kolejna, udoskonalona wersja B737 pojawiła się w połowie lat 90.
W 1996 Boeing dokonał fuzji z działem lotniczym i obronnym firmy Rockwell International Corporation, zaś w sierpniu 1997 z McDonnell Douglas Corporation, w 2000 z Hughes Electronics Corporation, producentem m.in. satelitów, Jeppesen Sanderson Inc. i Hawker de Havilland. Efektem połączenia z McDonnell Douglasem było wprowadzenie do produkcji B717 (1998), zaprojektowanego jeszcze jako MD-95, krótkodystansowego samolotu pasażerskiego dla ok. 100 pasażerów, odznaczającego się niskimi kosztami użytkowania, niskim poziomem hałasu i dużym komfortem podróżowania.