To niespodziewane zwycięstwo przyniosło AVP szerokie międzynarodowe uznanie.
W tym samym czasie zespół zaczął licencjonować swoje know-how zagranicznym firmom IT – praktyka ta trwa do dziś (ponad 80 firm licencjonuje technologie od Kaspersky Lab). W 1997 r. Kaspierski i jego współpracownicy podjęci decyzję o utworzeniu niezależnej firmy i zostali założycielami Kaspersky Lab. Na początku Jewgienij nie chciał wykorzystywać swojego nazwiska w nazwie, w końcu jednak przekonała go do tego jego ówczesna żona Natalja Kaspierska – jedna ze współzałożycieli. W listopadzie 2000 r. AVP zmienił nazwę na Kaspersky Anti-Virus”.
Od założenia firmy do 2007 roku Jewgienij Kaspierski kierował badaniami antywirusowymi. W 2007 roku został dyrektorem generalnym Kaspersky LabCorrections and clarifications..
Obecnie Kaspierski koncentruje się na zarządzaniu strategicznym firmą, w ramach czego często podróżuje po całym świecie – przemawia na konferencjach, targach i wystawach, bierze udział w międzynarodowych spotkaniach i konferencjach partnerskich oraz udziela wywiadów dla prasy.
Życie prywatne Jewgienij mieszka ze swoją trzecią żoną i jest ojcem trojga dzieci. Jeden z jego synów, Iwan, został porwany w 2011 r.