Budynek został zniszczony w 1944 w czasie powstania warszawskiego w ok. 70%. Został odbudowany w latach 1948–1949 pod kierunkiem Brunona Zborowskiego w czasie budowy Trasy W-Z. Pierwotnie przebieg Trasy wyznaczono na południe od pałacu, co wymagało zburzenia oficyny spalonego gmachu Banku Polskiego. Z powodu sprzeciwu użytkującego ją Ministerstwa Finansów zaproponowano zburzenie pałacu, na co z kolei nie zgodzili się konserwatorzy. Orędownikiem zachowania zabytku był Jan Zachwatowicz. W wyniku dyskusji znaleziono kompromisowe rozwiązanie polegające na budowie jezdni Trasy W-Z zarówno po północnej, jak i po południowej stronie budynku. W wyniku tej decyzji w czasie odbudowy nie odtworzono jednak skrzydeł bocznych i oficyn pałacu, w miejscu których znalazły się torowiska tramwajowe. Odnalezione w ruinach rzeźby przedstawiające personifikacje czterech pór roku, które zdobiły wychodzący na wschód taras ogrodowy pałacu, trafiły do Muzeum Historycznego m.st. Warszawy (zostały przekazane Muzeum Niepodległości w 2015).