W 1448 roku kanonicy laterańscy wznieśli stojący przy kościele gotycki budynek pełniący funkcję klasztoru, połączony w latach 1538-1822 z kościołem krytym przejściem.
W 1609 roku kościół się spalił, w związku z czym odbudowano go w latach 1612-1639 pod kierunkiem architekta Albina Fontany, który nadbudował mury i założył nowe sklepienia kolebkowe z dekoracją stiukowe w typie lubelsko-kaliskim. Ołtarz główny barokowy zbudowano w 1662. W 1706 roku spalił się dach i w wyniku pożaru zawaliła się wyniosła wieża kościelna. W 1822 r. świątynia stała się na powrót kościołem diecezjalnym. W latach 1869–1876 dokonano renowacji kościoła oraz zbudowano nowe zwieńczenie wieży w stylu neogotyckim wg projektu Franciszka Tournella. Do wieży dostawiono także w tym okresie neogotycką kaplicę grobową. lewo|mały|Widok kościoła przed 1858 Około 1895 roku w dawnej zakrystii i kapitularzu urządzono kaplicę Matki Boskiej Pocieszenia, zwanej też "Pod Orłami". W 1909 roku witraże i polichromię w tej kaplicy wykonał Włodzimierz Tetmajer. Ściany zdobią piastowskie orły i postacie polskich świętych i błogosławionych. Z kolei witraże przedstawiają m.in. Matkę Bożą Częstochowską oraz Matką Bożą Ostrobramską. Obraz w kaplicy to "Alegoria Umarłej Polski" i scena z księżną Jolantą i Bolesławem Pobożnym.