Gmach seminarium, początkowo drewniany, przez brak systematycznych remontów popadał w ruinę i od 1700 nie nadawał się do zamieszkania. Ostatecznie w obecnym miejscu, nowy gmach stanął w 1783. Z tego czasu pochodzi część parteru obecnego budynku wraz z kaplicą Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny.
W czasach zaboru pruskiego władze wielokrotnie próbowały zamknąć seminarium, jednak dzięki staraniom kolejnych ordynariuszy instytucja pozostawała otwarta. W połowie XIX w. abp Marcin Dunin powołał do istnienia seminarium wspólne dla archidiecezji gnieźnieńskiej i diecezji poznańskiej. Przebieg studiów wyglądał w nim następująco: po trzyletnim przygotowaniu teoretycznym w seminarium poznańskim, alumni udawali się na kurs praktyczny do seminarium gnieźnieńskiego, które otrzymało nazwę Seminarium Clericorum Practicum – czyli Seminarium Praktyczne (taka sytuacja trwała aż do roku 1927). W okresie kulturkampfu rząd pruski zamknął obydwa seminaria. Gnieźnieńskie seminarium przerwało swoją działalność w 1875 roku. W tym czasie kandydaci do stanu duchownego udawali się na uniwersytety zagraniczne między innymi do Rzymu, Innsbrucku czy Monasteru.