W 1757 wnętrze świątyni pokryto iluzjonistycznymi freskami przez nadwornego malarza Augusta III Sasa, Józefa Meyera. Po kasacie zakonu Po kasacie zakonu w 1773 w wyniku utworzenia Komisji Edukacji Narodowej jezuici utracili kościół i klasztor. Budynki przejęli ojcowie trynitarze. Nie mieli oni jednak pieniędzy na utrzymanie świątyni, przez co kościół oraz dawne zabudowanie kolegium popadały w ruinę. W 1797 świątynia pełniła funkcję magazynu na zboże.
XIX–XX w. left|230px|thumb|Plac katedralny (1860) thumb|Katedra widziana z Wieży Trynitarskiej thumb|Wieża Trynitarska thumb|Tablice epitafijne Sebastiana Klonowica i Wincentego Pola
Jako katedra W 1805 utworzono diecezję lubelską. Na jej siedzibę wybrano dawny kościół jezuitów. W 1815 rozpoczęto wyburzanie gmachów kolegium jezuickiego. Gruzu użyto do budowy szosy zamojskiej (obecnie ul. Kardynała Stefana Wyszyńskiego). Gmachy znajdujące się przy ul. Jezuickiej oraz graniczące z furtą klasztorną przeznaczono na szkołę wojewódzką. Swego czasu uczęszczał do niej Józef Ignacy Kraszewski. Furtę klasztorną, która już w 1627 została podwyższona i na której umieszczono dzwony, przebudowano w stylu neogotyckim i nazwano Wieżą Trynitarską. W 1821 Antonio Corazzi zaprojektował nową fasadę, utrzymaną w stylu klasycystycznym.