W opozycji do Wielkiego Chana Choć do śmierci uznawał swoją zależność od imperium mongolskiego, to faktycznie zorganizował niezależny chanat ze stolicą w Saraju nad Wołgą. Od śmierci Ugedeja pozostawał w opozycji, najpierw do jego żony Töregene-katun – regentki w latach 1242–1246, następnie do jej syna Wielkiego Chana Gujuka. W sporach tych zdobył poparcie władców Rusi z Aleksandrem Newskim na czele (niechętnym Töregene i Gujukowi z racji zabójstwa jego ojca na kurułtaju w 1246). Formalnie uznał władzę Gujuka, jednak mimo kolejnych żądań chana nie stawił się na jego dworze, by osobiście złożyć mu hołd.

Kiedy Batu został ostrzeżony przez wdowę po Tołuju, Sorkaktani-beki, o szykowanej przeciw niemu wyprawie, zebrał armię złożoną z podbitych ludów i ruszył na Gujuka. Ten jednak umarł przed starciem. W porozumieniu z Sorkaktani-beki wysunął kandydaturę Mongkego na Wielkiego Chana i przeprowadził jego wybór na kurułtaju w 1250. Jednak większość rodu panującego uznała ten kurułtaj za nielegalny, jako odbywający się poza granicami Mongolii.