Szkielet zawierał miejsca na wyposażenie elektroniczne, napęd i systemy kontroli położenia.
Energia elektryczna generowana była przez ogniw słonecznych na 4 panelach o wymiarach . W pobliżu Marsa zapewniały one energii elektrycznej. Ogniwa ładowały baterię akumulatorów srebrowo-cynkowych, o pojemności . Masa akumulatorów wynosiła .
Napęd sondy stanowił hydrazynowy silnik z 4 dyszami, o ciągu , zainstalowany na burcie ośmiokątnego korpusu. Położenie statku było sterowane 12 silniczkami na azot, umieszczonymi na końcach paneli słonecznych, i trzema żyroskopami. Na końcu każdego panelu zamontowano również żagiel słoneczny, każdy o powierzchni .
Informacje o położeniu Marinera uzyskiwane były za pomocą 4 czujników Słońca i jednego dodatkowego czujnika kierowanego, zależnie od fazy lotu, na Ziemię, Marsa lub gwiazdę Kanopus. Statek był pierwszą sondą kosmiczną wymagającą gwiazdy jako obiektu odniesienia własnego położenia. W trakcie lotu ani Ziemia, ani Mars nie były dość jasne, aby wykorzystać je w celach astronawigacyjnychMisje wysłane w kierunku Wenus mogły korzystać z jasnych planet, Ziemi lub Wenus, jako punktu odniesienia..