Po tym zabójstwie zmuszony został do ucieczki na Sycylię, gdzie w ukryciu spędził kilka lat.
Na Sycylii pozostawał pod opieką dona Tomassina, przyjaciela dona Corleone. Podczas tego pobytu poślubił Sycylijkę Apollonię Vitelli, która zginęła później w zamachu bombowym skierowanym przeciwko Michaelowi. Do Nowego Jorku powrócił po dwóch latach, gdzie (po uprzedniej śmierci Sonny’ego Corleone) został prawowitym następcą dona Corleone. Po powrocie do Ameryki ożenił się ponownie, tym razem z Kay Adams, z którą miał dwoje dzieci: Anthony’ego Vita Corleone (ur. 1952), Mary Corleone (1954–1980).
Aktywnie włączył się też w interesy rodzinne. Po śmierci Vita Corleone w roku 1954, przejął jego schedę i został donem. W niedługim czasie doprowadził do ostatecznej rozprawy z wrogami rodziny, odpowiedzialnymi za zamach na jego ojca oraz za śmierć Sonny’ego. Na jego polecenie zamordowani zostali don Victor Stracci, Moe Greene, don Ottilio Cuneo, don Philip Tattaglia, don Emilio Barzini oraz szwagier Michaela – Carlo Rizzi, który wydał Sonny’ego, jak również Salvatore Tessio, caporegime, który zdradził rodzinę Corleone na rzecz rodziny Barzinich oraz Fabriziego, człowieka, który podłożył bombę w samochodzie, w którym zginęła jego żona Apollonia.