W drodze powrotnej do Komany, w trakcie odpoczynku, Bazyliszka przywiązano do suchego drzewa w upalny dzień. Święty modlił się do Boga. Nagle rozległ się głos z góry: Nie bój się, jestem z tobą. Ziemia zatrzęsła się i ze skały wytrysnęło źródło. Przestraszeni trzęsieniem ziemi wojownicy zwolnili męczennika. Do świętego przychodzili chorzy mieszkańcy z okolicy, którzy po jego modlitwie zostawali uzdrowieni.
Święty stanął w końcu przed Agryppą, który kazał mu złożyć ofiarę pogańskim bogom. Zaprowadzono go do świątyni, a na świętego z Nieba zszedł ogień, który spalił przygotowany ołtarz, a stojących na nim idoli miał zetrzeć w proch. Agryppa polecił wówczas ściąć świętemu głowę, a ciało jego rzucić do rzeki. Miało to miejsce 22 maja ok. 308 roku.
Chrześcijanie wykupili ciało męczennika i w nocy potajemnie pogrzebali na zaoranym polu. Przez pewien czas na tym miejscu stał kościół pod wezwaniem świętego Bazyliszka, do którego przeniesiono relikwie. Dzięki modlitwom o wstawiennictwo świętego zaczęły dokonywać się uzdrowienia. Legenda głosi, że święty Bazyliszek pojawił się tuż przed śmiercią samemu św. Janowi Chryzostomowi.