Przystąpiono wówczas do fortyfikowania wszystkich obiektów, w których mieściły się niemieckie urzędy, instytucje lub koszary. Otrzymały one ochronę ogniową z betonowych schronów, niektóre zabezpieczono także zasiekami i okopami strzeleckimi. W podobny sposób Niemcy zabezpieczyli również – w najczulszych miejscach – najważniejsze arterie komunikacyjne w mieście (skrzyżowania, mosty, wiadukty). Ponadto zlikwidowali najmniejsze posterunki policyjne (niem. Abschnittswachen), wzmacniając ich kosztem ochronę najważniejszych obiektów. W każdym niemieckim urzędzie zorganizowano zbrojne pogotowie złożone z cywilnych pracowników, do którego należeli wszyscy zatrudnieni tam Niemcy i Volksdeutsche. Opracowano także szczegółowe zasady postępowania niemieckich cywilów i wojskowych na wypadek wybuchu polskiego powstania.
Niemieckie plany zakładały, że garnizon Warszawy powinien docelowo osiągnąć liczebność około 36 tysięcy ludzi – na co składać się miało 15 tysięcy żołnierzy wojsk lądowych i 13 tysięcy żołnierzy Luftwaffe (podporządkowanych komendantowi wojennemu miasta) oraz 4 tysiące żołnierzy Waffen-SS i 4 tysiące policjantów (podlegających Dowódcy SS i Policji na dystrykt warszawski).