W 1977 roku Departament Sprawiedliwości wszczął przeciwko Kozijowi dochodzenie w związku z podejrzeniem zatajenia przez niego członkostwa w policji i w OUN. W wyniku procesu na skutek świadectw przedstawionych przez Polaków 29 marca 1982 roku odebrano mu amerykańskie obywatelstwo.
Świadek Anton Wakeba zeznał przed sądem Stanów Zjednoczonych: Według innego zeznania:
Syn Kozija dowiedziawszy się o przeszłości ojca popełnił samobójstwo.
Od 1985 roku Kozij mieszkał w Kostaryce. 23 listopada 2002 roku na podstawie dokumentów przedstawionych przez Centrum Szymona Wiesenthala IPN wszczął śledztwo przeciwko Kozijowi. 21 listopada 2003 roku władze polskie zwróciły się do rządu Kostaryki z wnioskiem o aresztowanie Kozija i ekstradycję. Kostarykański sąd zgodził się na deportację za zabicie czteroletniej dziewczynki i udział w zamordowaniu całej rodziny żydowskiej pod koniec 1943 roku, na znajdujących się wówczas pod okupacją niemiecką terenach wschodniej Polski.
Bohdan Kozij nie doczekał ekstradycji. Na wieść o wniosku ekstradycyjnym doznał wylewu i został przyjęty w śpiączce do szpitala San Rafael w Alajueli.