Następnie został skierowany do Koblencji i do Münster, siedziby jednostki administracyjnej Nadrenia Północna-Westfalia, gdzie był zastępcą szefa Gestapo i ponownie koordynował deportację Żydów na wschód. Przeprowadzał egzekucje polskich robotników przymusowych przez powieszenie z wykorzystaniem wypożyczanego w tym celu z Instytutu Anatomii na Westfalskim Uniwersytecie Wilhelma w Münsterze składanego stołu; według zeznań złożonych po wojnie przez świadka czerpał przyjemność z egzekucji. W tym okresie wypoczywał w Karkonoszach, odwiedzał rodziców w Amstetten, brał udział w ćwiczeniach strzeleckich SS. Po spodziewanym zwycięstwie wojennym III Rzeszy był przewidywany na gubernatora Afryki.
Od 1942 dowodził formacjami Einsatzgruppen eliminującymi Żydów, partyzantów i inne osoby uznane za wrogów Rzeszy na okupowanych terenach Związku Radzieckiego. W lipcu 1944 objął w Białymstoku dowodzenie nad Sonderkommando 7a. Po wzięciu polskich zakładników, rozstrzelanych później pod Radziejowicami, wyruszył do Warszawy, gdzie wraz ze swoimi ludźmi mordował bez żadnego rozróżnienia cywilną ludność w ramach pacyfikacji powstania warszawskiego. Następnie na czele tej samej jednostki tłumił powstanie słowackie, tropiąc i mordując Żydów i partyzantów m.in. w górskiej okolicy Rużomberka.