Zmarł 23 czerwca 2000 wskutek wypadku samochodowego koło miejscowości Rybitwy. Prowadząc samochód Chevrolet Camaro, zderzył się czołowo z innym samochodem. Ciężko ranny został przewieziony do szpitala, gdzie po kilku godzinach zmarł. Został pochowany na cmentarzu Batowickim w Krakowie (kw. CCXVIII-płn.-4).
Upamiętnienia 13 czerwca 2009 w Olsztynie koło Częstochowy odbył się Festiwal Muzyczny Pamięci Bogdana Łyszkiewicza.
Jesienią 2011 na rynku ukazała się płyta Odnalezione piosenki z niepublikowanymi do tej pory piosenkami Bogdana Łyszkiewicza w wykonaniu artystów, takich jak Aleksander Klepacz, Muniek Staszczyk, Maciej Balcar, Marek Piekarczyk, Bartek Król, Michał Jelonek, Piotr Kupicha, Andrzej Krzywy, Sztywny Pal Azji, Big Cyc i Golden Life. W tym samym czasie została wydana biografia książkowa muzyka pt. Wolność kocham i rozumiem, nawiązująca tytułem do jednej z najbardziej znanych kompozycji artysty „Kocham wolność”.
Od 2009 roku w Nowej Hucie na osiedlu Złotej Jesieni znajduje się ulica jego imienia.
W 2021 roku przed NCK w Nowej Hucie członkowie zespołu Chłopcy z Placu Broni zasadzili drzewo, (surmię bignoniową), upamiętniające Bogdana Łyszkiewiczainformacja widniejąca na tabliczce przy drzewku..