Działalność w Kraju Warty Po wybuchu II wojny światowej, w kwietniu 1940 roku został awansowany do stopnia Hauptsturmführera i mianowano go kierownikiem placówki SD w okupowanym Poznaniu. Funkcję kierownika pełnił do 30 czerwca 1944 roku. W maju 1940 roku został także mianowany zastępcą kierownika Centrali Przesiedleńczej w Poznaniu, chociaż właściwie to on kierował pracami centrali. W styczniu 1941 roku awansowany do stopnia Sturmbannführera, a kwietniu tego samego roku został wydelegowany do Centralnego Urzędu Niemieckiej Listy Narodowościej, a 8 maja 1942 roku objął referat narodowościowy w Urzędzie Namiestnika Rzeszy w Kraju Warty. 22 stycznia 1943 został kierownikiem partyjnego urzędu ds. narodowościowych. W czerwcu 1944 awansowany na Obersturmbannführera.
Stojąc na czele Centrali Przesiedleńczej przygotował w czerwcu 1940 dokument z propozycjami intensyfikacji przesiedleń poprzez: branie zakładników z groźbą rozstrzelania, przeczesywanie terenu, inwigilację agenturalną. W związku z tym, że chorzy i niezdolni do podróży zostawali na miejscu – jesienią 1940 wprowadzono w życie nowe propozycje Höppnera - 26-30 października zamordowano ok. 400 osób w szpitalu żydowskim w Kaliszu. W identyczny sposób rozprawiono się z Polakami we Włocławku na początku 1942.