Po uzyskaniu niepodległości przez Republikę Środkowoafrykańską na wniosek prezydenta Davida Dacko (którego był kuzynem) stanął na czele sił zbrojnych republiki; nadano mu też rangę pułkownika.
Od września 1964 roku Dacko i jego ekipa zaczęła zbliżać się politycznie do Chin. Antykomunistycznie nastawiony Bokassa obawiał się, że doprowadzi to do komunizacji kraju. Bezskutecznie próbował namówić rząd Francji do zbrojnej interwencji przeciwko prezydentowi Dacko. Francja co prawda nie zgodziła się na interwencję, jednak rząd oraz prezydent Charles de Gaulle poparli Bokassę w działaniach zmierzających do obalenia DackoBokassa, Jean-Bedel (1985), Ma vérité, Paris: Carrére Lafon.. 1 stycznia 1966 roku przeprowadził zamach stanu i ogłosił się prezydentem republiki oraz przewodniczącym jedynej partii kraju – Ruchu Rozwoju Społecznego Czarnej Afryki. 4 stycznia zawiesił konstytucję i rozwiązał parlament.