Milan 8 sierpnia 2012 przeniósł się do włoskiego AC Milan na zasadzie wypożyczenia z możliwością kupna. Kwota wypożyczenia to około €400 tysięcy. Założył koszulkę z numerem 17. W jego pierwszych derbach przeciwko Interowi był jednym z najlepszych zawodników i kluczowym graczem w obronie, mecz zakończył się wynikiem 1:1.
23 maja 2013 Milan potwierdził transfer definitywny Kolumbijczyka, a kwota transferu wyniosła około €7 milionów. Kontrakt obrońcy podpisany został do 2016 roku.
W sezonie 2015/16 rozegrał 21 spotkań w Serie A. 10 czerwca 2016 przedłużył umowę z Milanem do 2019 roku.
Statystyki Stan na 19 maja 2013. Kraj Liga Puchar Międzynarodowe Razem Sezon Klub Liga Mecze Gole Mecze Gole Mecze Gole Mecze Gole Kolumbia Liga Puchar Ameryka Południowa RazemApertura 2005Deportivo CaliPrimera A170 170 Italy League Coppa Italia Europa Razem2005–06Udinese CalcioSerie A20150402912006–0736020 3802007–08281002812008–0918120602612009–1031040 3502010–1135230 3822012–13A.C. Milan2301050290 Total Italy19151701502235 Hiszpania Liga Copa del Rey Europa Razem2011–12Villarreal CFLa Liga2802060360 Razem23651902102765