Do początku lat 90., z niewielkimi przerwami, Moto Jelcz regularnie uczestniczył w rozgrywkach II ligi. Pod koniec 1990 roku stał się samodzielną jednostką, został całkowicie przeniesiony do Oławy oraz wrócił do dawnej nazwy - KS Moto-Jelcz Oława (wcześniej przez krótki okres grał jako Jelcz Oława i KS JZS Jelcz). W wyniku coraz gorszej sytuacji finansowej JZS zarząd fabryki wycofał się ze sponsorowania klubu, co bezpośrednio odbiło się na wynikach piłkarzy. Drużyna, spadając w 1992 do III ligi, nigdy już do zaplecza ekstraklasy nie powróciła, choć kilkakrotnie była tego bliska.
Pod koniec lat 90. kryzys sportowy i finansowy pogłębił się. Doszła także do tego reorganizacja rozgrywek. Czynniki te spowodowały, że drużyna z Oławy spadła w 1998 r. do IV ligi (grupa dolnośląska). W sezonie 2007/08 zajęła w rozgrywkach 7. miejsce, ale w wyniku kolejnych zmian musiała rozegrać baraż o utrzymanie się na 4. poziomie. Pomimo niepowodzenia w meczach ze Spójnią Ośno Lubuskie, pozostała w lidze z powodu kłopotów rywala z otrzymaniem licencji na grę w nowo tworzonej III lidze (czwarty poziom ligowy). W drugiej połowie sezonu 2008/09 doszło do fuzji z występującym w tej samej lidze Wulkanem Wrocław. MKS wycofał własną drużynę z rozgrywek, ale przejął pozycję w tabeli i kadrę wrocławskiego klubu, kontynuując sezon jako MKS Oława.