Połamane zostały drzewa i krzewy, a 30% najcenniejszych gatunków roślin poważnie ucierpiało (całkowicie zniszczona została kaktusiarnia i dział roślin tropikalnych). Podczas walk w 1945 palmiarnia została zniszczona w 90%, jednak już w tym samym roku przystąpiono do odbudowy. Dzięki uratowaniu części zbiorów, a także roślinom zwiezionym z terenu całego kraju już w 20 kwietnia 1946 otwarto niemal wszystkie pawilony (dział roślinności pustynnej i wodnej otwarto w 1947). Najpierw oszklono główny segment budynku i tu przeniesiono wszystkie ocalałe rośliny. Palmiarnia otrzymała też liczne dary z innych instytucji i miejscowości, m.in. kolekcję agaw przekazał Uniwersytet Poznański, a mieszkańcy Sulechowa wysłali palmy, draceny, laury i sagowceJoanna Labuda, Podaj cegłę, czyli poznaniacy budują miasto, w: Czasy Głosu, wydanie specj. Głosu Wielkopolskiego, 16.2.2015, s.17.