Misję tę Ali wypełnił, przyjmując część miejscowych hersztów na swój żołd, a resztę bezlitośnie tępiąc.
W następnych latach Ali stopniowo skupiał pod swym panowaniem północno-zachodnią Grecję (Peloponez, Epir) i terytorium dzisiejszej Albanii.
Rozbudował dla swych potrzeb twierdzę w Janinie. Pomieścił w niej dwór godny monarchy – pełen bogactw, elegancji, wyrafinowania i dóbr greckiej kultury, dla której był także mecenasem. Jednak rządził skrajnie okrutnie, chciwie i bezwzględnie, nawet wobec własnych bliskichOpis taki przekazał m.in. goszczący w Ianinie w 1808 angielski poeta, polityk i dyplomata J.G.Byron.
Był znakomitym dowódcą i gospodarzem. Skutecznie tępił rozbójnictwo na drogach (plagę owych czasów w całym imperium), popierał szkolnictwo, produkcję rzemieślniczą i dalekosiężny handel. Formalnie lennik sułtana, realizował budowę udzielnego państwa albańsko-greckiego, całkowicie niezależnego od Turcji. Toteż zawierał kolejne sojusze z Napoleonem Bonaparte, Wielką Brytanią, spiskowcami greckimi – sprzyjał powstaniu tajnego greckiego stowarzyszenia narodowego Filiki Heteria (Stowarzyszenie Przyjaciół), licząc na sprowokowanie interwencji Rosji.