Opowieść o tym, że zabił się srebrną kulą od cukiernicy, którą systematycznie wypiłowywał przez lata, bo uważał, że jest wilkołakiem, jest prawdopodobnie mitem powstałym znacznie później. Potocki został pochowany 1 stycznia 1816 r. (20 grudnia 1815 według kalendarza juliańskiego) w sieni kościoła w Pikowie.
W 1788 r. odznaczony Orderem Orła Białego, w 1784 został kawalerem Orderu Świętego Stanisława, w 1802 uhonorowany rosyjskim Orderem Świętego WłodzimierzaKawalerowie i statuty Orderu Orła Białego 1705–2008, 2008, s. 242.. Od roku 1803 członek warszawskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk.
Niemiecki podróżnik i orientalista Julius Klaproth, wraz z Potockim uczestnik poselstwa Jurija Gołowkina do Chin, nadał nazwę Archipelagu Jana Potockiego (fr. l’Archipel de Jean Potocki, niem. Jean-Potocki-Archipel, ang. Potocki Islands) grupie osiemnastu wysp w Zatoce Zachodniokoreańskiej (39–40º szerokości płn., 124–125º długości wsch.). Hasło o Archipelagu Jana Potockiego opublikowano w 1859 r. w niemieckiej encyklopedii powszechnej. Nazwa funkcjonowała jeszcze w 1896 roku;