Celem omówienia spornej kwestii cesarz Teodozjusz II zwołał w 449 r. w Efezie sobór, jak się później okazało bardzo burzliwy. Przewodniczył mu patriarcha Aleksandrii Dioskur. Dioskur poparł Eutychesa, a Flawiana odwołano z urzędu. Został potraktowany bardzo okrutnie. Najpierw żołnierze cesarscy pobili go, a następnie wtrącili do więzienia w Hypaipa w Lidii. Tam po trzech dniach zmarł. Z tego też powodu otrzymał tytuł wyznawcy. Na soborze tym (nazwanym później zbójeckim) starły się dwie frakcje: diofizytów i monofizytów. Flawian reprezentował tę pierwszą. Podstawą sporu między Flawianem a monofizytami była różnica w postrzeganiu natury Jezusa. Monofizyci uważali, że Jezus miał jedną, boską naturę, zaś Flawian oponował, twierdząc, że zbawiciel świata był wewnętrznie podzielony na boski i ludzki pierwiastek.
Na soborze w Chalcedonie w 451 r. patriarcha Flawian został zrehabilitowany. W tym samym roku św. Pulcheria sprowadziła jego prochy do Konstantynopola.
Kult Jego wspomnienie liturgiczne w Cerkwi prawosławnej obchodzone jest 18 lutego/3 marcapodwójne datowanie, tj. 3 marca (lub 2 marca w latach przestępnych) według kalendarza gregoriańskiego.